はい、申請書の資金計画を作成する際は計上します。

以前に奥さんが運行管理者のケースで給与計上せずに申請しましたが、運輸局から修正指示を受けました。

そのため、計上して申請したほうが無難でしょう。

計上の際は、最低賃金に抵触しないか、社会保険関係の費用も記載するようにしてください。